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【原创】实用分子生物学技术培训(选修)

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第三次反围剿纪念章

发表于 2022-8-7 10:10:31 | 显示全部楼层 |阅读模式
本帖最后由 freeman 于 2022-8-7 10:12 编辑

本文在临高环境成功实现了基于STR分析的人员鉴定方案。
显然,囿于作者实践经历,文中将有不少瑕疵,如有从事此工作的读者,欢迎回复指出不吝赐教。
另本文隐含假设是各类耗材,特别是试剂,已经可以由伟大的元老院精细化工负责在临高环境下再生产了!在此向幕后英雄们致敬!具体哪些,可以看正文。
目录
一、课程简介以及基础知识(https://lgqm.gq/forum.php?mod=re ... 212&fromuid=807
二、DNA提取和PCR(https://lgqm.gq/forum.php?mod=re ... 213&fromuid=807
三、午饭和CE(https://lgqm.gq/forum.php?mod=re ... 214&fromuid=807

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参与人数 3金钱 +11 收起 理由
量子玫瑰 + 5 看着比较亲切,好多熟悉的词儿.
澳宋生命科技园 + 1 都到临高可,你还用柱法分离DNA,耗材是个.
若望保禄 + 5 很给力!

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第三次反围剿纪念章

 楼主| 发表于 2022-8-7 10:11:07 | 显示全部楼层
一、课程简介以及基础知识

实用分子生物学技术培训(选修)
课程目标:通过培训学员掌握DNA提取、定量、PCR、DNA片段分析等技能,巩固学员对遗传学、分子生物学重要概念的认识和理解,激发学员对元老院的热爱,以及立志投身科研事业的决心。
课程适用学员:生物学、农学、医学、法医学等专业方向人才。
课程参考资料:《现代分子生物学》(朱玉贤)、《遗传学》(王亚馥、戴灼华)、Forensic DNA Typing (John M. Butler)、Forensic DNA Biology A Laboratory manual (Kelly M. Elkins)、Forensic DNA Typing  Protocols (William Goodwin as editor)、亲权鉴定技术规范GBT37223-2018、User Guide or manual for apparatus or kits metioned(Applied Biosystems® 3500/3500xL Genetic Analyzer Publication Number 100031809,GlobalFiler™ and GlobalFiler™ IQC PCR Amplification Kits USER GUIDE Publication Number 4477604)。
课程主要使用仪器:移液器(Eppendorf Researchplus)、离心机(Eppendorf 5424)、紫外分光光度计(Thermo NanoDrop One)、PCR仪(Eppendorf Mastercycler)、毛细电泳仪(Thermo SeqStudio Genetic Analyzer/3500)。
课程主要使用试剂及耗材:Mammalian Cell Extraction试剂盒(Thermo PureLink™ Genomic DNA Mini Kit)、DNA profiling kit(Thermo GlobalFiler™ PCR Amplification Kit)、正极液、负极液、Polymer(POP4)、EP tubes、tips。
课程是否涉及受管控资料、仪器、物资:是。
课程学分:8。
课程学时:8。
课程报酬标准:每课时5元。
课程主讲人:任佑梓。

清晨,生物学院属重点实验室(农、医、教共建)实验楼,A101室。
有人轻轻敲门:“任首长,在吗?”
“请进!”
一位身着四兜干部服的年轻人带着几位身穿校服,或背包或挎包的男男女女走了进来,屋里没有开灯,他向坐在实验桌边脸映着屏幕光亮身着白大褂的男子鞠了一躬,说:“学生都到了,一两人生物学专业农业方向,两人医学专业,还有两人是安全部推荐来进修的,共X人。”
“好的,”任首长点了点头:“你去忙你的事情吧,大家自己找位置坐下。”
伴随着一阵调整座椅的声音,学生们很快坐了下来,并从包中掏出纸笔。任佑梓启动了投影仪,清了清喉咙,大家鸦雀无声。
“首先,欢迎大家选修我主讲的这门课程,很高兴又和大家见面了。能有选修资格,说明大家都是经过了严格的筛选,是元老院的好学生,先祝贺大家,能够更深入地学习生物学,毕竟本世纪是生命科学的世纪,到时各处都有大家的用武之地,恭喜!”
迟疑了几秒钟,有人带头鼓起了掌,看到大家都在热烈鼓掌,任满意地点头,示意可以停了。
“这门课程,是你们所学一些生物学基础知识的具体和高级的应用。你们在生物基础实验课,都成功提取到鸡血中DNA了吧?”
看到大家有点犹豫地互相张望,任微笑着补充道:“大家放松一点,想到什么就可以说什么,畅所欲言啊。”
“是,好多,能看到是一大坨呢。”一个男生答道。
“不错,听来小齐的实验很成功。我们为什么不用人血、狗血什么的代替鸡血来提DNA?快!抢答!”
“因为这些动物红细胞没有细胞核!”几个人纷纷发言。
任很高兴地点头:“说得很对。大家想想,如果一定得用哺乳动物的组织来提取DNA,有什么方便又无害的选择?不需要破坏动物身体的,又能大量得到?”
各人浮现出困惑、焦虑、不解、空洞等等表情和眼神,忽然,一位女生小脸一红:“是...那个?”
“哪个?不要打哑谜。”
“精.”
“对啊,很好,能融会贯通学以致用了,大家要多向小黄学习。”
任忽略了大家复杂的表情和窃笑,调出一张幻灯片。
“DNA这种物质是很稳定的,即使是琥珀中封存的生物,也能提取到相应DNA片段。我们身体上皮肤碎屑、血液、头发、体液,都可以用来提取DNA,当然,一般组织样本量都很少,提取到的DNA也不多,少到不方便进行后续的各种操作,所以,我们需要一种扩增这些提取DNA全部或部分片段的方法,就是聚合酶链式反应,可以叫PCR。大家回忆一下,DNA在体内是怎么复制的?讲讲大概就行。”
“双螺旋打开,聚合酶按模板从5'向3'端复制...”
“很对,现在我们要在体外进行复制特定的片段,大家思考下,需要些什么?模板我们有了,就是提取的DNA,聚合酶,对不对,还有什么?”
“A\T...”
“对,四种脱氧核糖核苷酸分子。还有没有?我说要特定的片段了,是不是有个什么重要的东西?是不是缺引物啊,同学们。引物和我们需要扩增的片段结合,然后聚合酶沿着相应模板扩增,如此反复,越来越多。其他还有一些比如镁离子、缓冲成分这些,来维持聚合酶的活性。大家知道,化学反应,温度是一个很重要的条件。大家想想,这个体外扩增,室温好不好做?”
“应该不行吧,DNA室温下都是双链的,我们要加热把双链打开,让聚合酶可以结合上去扩增。”齐立周答道。
“小齐说得对啊,但是,加热这里又衍生出新问题了,酶是蛋白质,加热了会怎样?变熟啊,就像煮鸡蛋。所以这个问题,应该怎样解决?”
“消耗完了就补充新的酶!”小齐说道。
“我们也可以找一种对热稳定的酶。”小黄抿嘴笑道。
“两种说法都对,但显然,后一种方法更简单,大家想想,从哪找?”
大家面面相觑,任笑道:“找生活在很热地方的生物,是不是?”大家纷纷点头。
“这个已经有人找到了,常见的就是Taq酶。什么,谁发现的,我也不记得了,大家可以后面自己去图书馆查阅资料啊。我们加热到比如95摄氏度,DNA双链打开,然后降温到比如72摄氏度让Taq酶扩增。如此循环若干次后,我们就可以拿这些扩增出来丰富的DNA片段来进行后续的分析、操作了。今天要介绍的后续运用是非常实用的一个技术,就是DNA fragment analysis,目的是对DNA进行profiling,从而对个体进行鉴定,可以理解为通过DNA片段的特征确认是谁啊。大家思考一下,你怎么知道我是我,他是他,我儿子是我儿子,他爸爸是他爸爸?”
“看长相?哈哈哈,对,可以。小齐就很标致啊大家一眼就认出来了。哦和你爸长得一模一样,所以是遗传了你爸长相是吧,好。长相是什么?用生物学概念来解释?对,性状,很好。性状是怎么决定的?中心法则怎么说?”
“DNA是主要的遗传物质,转录翻译成蛋白质。蛋白质和环境因素共同决定性状。”大家异口同声。
“很好。那实际上通过DNA的特征,我们就可以确认是谁,以及谁是谁的后代,是不是?”
这次大家沉默思考良久,最后小黄小声问道:“但是这样做的前提是每个人都要有不同的可以区别的DNA片段,我们平常观察到的性状好像也不多,还有后代会发生变异,另外这么多人,会有重复的吧,就分不清楚了。”
“很对啊,而且大家想想,很多性状都不是一个基因决定的,再加上环境影响,最终会有不同的表型。我们如果要拿性状、表型来分析谁是谁,就会遇到问题。大家思考一下,父亲是AB型血,母亲是O型血,现在发现他们有个儿子是O型,一个女儿是B型,说明什么?”
“儿子是母亲和其他人生的,女儿说不准。”小齐答道。
“对的,血型,只能排除谁不是。犯罪现场血型是O型,那么A型、B型这些人可以排除嫌疑,但是O型血人多得很...”
“首长,我们还可以看指纹!”
“不错,指纹也是一种性状。但是如果罪犯很聪明,他戴了手套,没有指纹,我们只检测到血迹,那就要通过生物学其他知识来判断。你是苏首长推荐来的对吧,你叫啥?刘忠璟?什么,成都府资县人?好,成都是好地方啊。我们回到正题,可喜的是,我们已经发现,可以利用基因组中的一类AT短串联重复序列,可以叫STR,来判断具体人员。大家想一下,这个STR,是不是应该每个人都不太一样?”
“有类人可能一样。”小黄补充。
“是有这么一类人,不过很少。小黄给大家展开讲讲?”
“就是大家能遇到的长得一模一样的双胞胎这种,应该是叫同卵双生?”
“对,如果都是一个受精卵分裂来的,理论上都是同一套遗传物质,不过这种情况比较极端,我们还是回到普遍场景来啊。现在大家马上回答,这个STR,受到的选择压力大不大?快!抢答!”
“不...大?”
“为什么?”
“因为大家都长得差不多!”小齐抢答。大家一阵哄笑。
“大家觉得小齐说的哪里需要补充?”
“我理解,如果受到的选择压力大,那么变异就很少,因为很有可能变异会导致不适应环境无法遗传。只有受选择压力小的,才可以不断变异并积累。”
“对,长得差不多说明大家基因组最重要的部分都是不怎么变异的,变了就死了,怎么遗传,对不对?只有这些经常变异的,才有机会给我们提供每个人不同的片段,供我们profiling。下面,大家不妨想想,具体要多少个这样不同的STR,才可以比如说50亿人中才会有两个一样?”
“这个,好像和每个基因在人群中出现的频率有关?”
“很对,如果我们认为每个基因出现都是独立互不影响的,那么我们可以根据每个基因出现频率,把每个基因型的概率相乘,得到的就是这个特定基因型组合出现的概率,对不对?大家可以下来以后再去思考啊。现在大家想一想,我们已经提取了DNA片段,通过PCR扩增出大量样本,接下来如何判断具体STR信息?”
“探针标记?对,具体什么样的探针?通过什么样的手段检测?”
“放射性探针、银染、荧光标记和荧光染色,跑电泳鉴别大小。很好。都非常正确。大家想一下,探针加电泳,是怎样检测到不同STR等位基因的?”
“每个等位基因序列不同,所以探针结合以后,在电泳时跑得快慢不同,很对!那本质就是序列不同对不对?所以还有什么方法?”
“把每个DNA片段的具体碱基序列都测出来!很好。不过这个有点大材小用了啊,虽然我们要用到的毛细电泳技术可以做sanger sequencing,能把整个序列都读出来,但是我们这次只用看荧光检测片段大小就行了,凡事要讲究一个费效比。”
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第三次反围剿纪念章

 楼主| 发表于 2022-8-7 10:11:30 | 显示全部楼层
二、DNA提取和PCR

任指挥学员从冰箱中取出冰冻血液样本,用移液器对每个样本吸取200微升血液至单独灭菌EP管,再每个EP管加入20微升Proteinase K,20微升RNase A,稍作震动混匀,室温孵育2分钟。
然后每个EP管加入200微升PureLink® Genomic Lysis/Binding Buffer,充分震荡混匀,放入事先预热的55摄氏度水浴锅中孵育10分钟。
随后马上加入200微升无水乙醇,震荡5秒钟。
将裂解物加入吸附柱,配合EP管,使用离心机以10000g室温离心1分钟。
丢弃EP管及液体,将吸附柱置于PureLink® Collection Tube中,加入500微升事先已按要求加入无水乙醇配置好的Wash Buffer 1,10000g室温离心1分钟。
丢弃管及液体,将吸附柱置于PureLink® Collection Tube中,加入500微升事先已按要求加入无水乙醇配置好的Wash Buffer 2,10000g室温离心3分钟。
丢弃管及液体,将吸附柱置于灭菌1.5毫升EP管中,加入200微升PureLink® Genomic Elution Buffer,静置1分钟。
以最大速度室温离心1分钟。保存EP管及液体。
吸附柱再放入另外灭菌1.5毫升EP管中,加入200微升PureLink® Genomic Elution Buffer,以最大速度室温离心1分30秒。保存EP管及液体。

使用NanoDrop One对提取的基因组DNA进行定量,测定DNA浓度。如加入200微升Elution Buffer,提取的基因组DNA浓度约10纳克每微升。

使用low-TE缓冲液取1微升基因组DNA稀释至1纳克每微升。

震荡GlobalFiler kit中的master mix和primer set三秒钟。开盖前简短离心。
以master mix与primer set体积比3:1的比例,按待测DNA样本个数,每个10微升m&p混合物,以1.1倍计算用量,混合。
取1微升浓度1纳克每微升基因组DNA样品入14微升low-TE缓冲液中(使用200微升EP管),再每个加入10微升m&p混合物。
Negative control使用15微升low-TE缓冲液,Positive control使用10微升(共1纳克)control DNA及5微升low-TE缓冲液,其他不变。
按95摄氏度Hold一分钟,然后进行29个(94摄氏度10秒,59摄氏度90秒)循环,最后60摄氏度延伸10分钟,随即4摄氏度保存。设置保存PCR仪程序并运行。
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第三次反围剿纪念章

 楼主| 发表于 2022-8-7 10:11:52 | 显示全部楼层
三、午饭和CE

任抬起手腕看了下表:现在11点了,大家去会议室吃送过来的盒饭吧,2个小时后准点回来。随即关掉了投影仪,坐回电脑边。
“你怎么不去吃饭?黄雯同学?”任一边敲击着键盘一边问走过来坐在他身边的人。
黄雯伸长脖子,刚看到屏幕上“彩色打印申请表”的标题,只见任按下两个键,瞬间屏幕上只留下蓝色背景中的四色方块拼图。
“每次首长一个人在用电脑的时候,都是看这个、这个...”
“桌面。”任不自然地咳了几声,“有事找我?”
“对,首长。我看到最近院里颁布了继续攻读学士学位的政策...”
“这个啊,咱们边走边聊吧。一起吃个饭好了。”任脱下白大褂放在桌上,把电脑合上装进包里,同时说道。黄雯点了点头,默默跟在身后出门。任掏出钥匙打开了停在大门旁边棚子下一台刷着“农-003”标志单车的车锁,转过头问:“你会跳上来吗?”
摇头。
“那你先坐上后面吧,记住得抓好了。你可以抓住这个架子,或者你抓这个凳子也行。”
稍稍用力就蹬了起来,去东门市的路程很近,五分钟不到,在一堆“陆”“警”“办”“图”“教”单车中间店小二为任找了个位置放好。随即引导两位步入店家直奔为元老保留的包间。
殷勤的服务员已经拉开凳子并接过包。沏上热茶,并翻开菜单:“今天我们推荐的...”
“不用推荐了,一份椰子鸡,生蚝、活虾、鱼滑、腐竹各来一份,再来一个炸酥肉,一个玉米烙,然后来个腐乳通菜。尽快上。”
“好的首长。请问是记在哪个部门账上?”
“教委。哦对了,先来两碗凉粉。”
“好的,两位稍候。”
“说说吧,你想了解些什么?”任一边吹着茶水一边问道。
“主要是想了解下这个培养过程的导师负责制,我看有些首长已经让他们秘书或者养女在参与项目了,是不是导师制也要求学生身份变成...”黄有点害羞地问完,瞟了任一眼。
“这个完全是误解。导师和学生是双向选择,完全不存在人身依附,也不依赖人身依附。我个人是完全反对师生之间那些超越师生身份的关系存在的,非常不专业,负面影响非常大。所以为什么我参与发布了规范上下级关系避免利益冲突宣言。虽然我也不是什么严格意义上的好人,但是我不想在这边也要重蹈过去的覆辙。”说完任试着抿了一口茶,明显太烫,又放下了茶杯。
“那,您这边,是否还有培养名额呢?”
“每个元老都有名额,只是不见得每人都有兴趣去当导师。如果你对生命科学很有兴趣,又愿意选我,这个是可以考虑的。当然,还有其他元老也是生物学或者相关专业背景的,比如吴南海、法石禄,马上要带你们去山东实习的赵曌,如果你需要,我也可以给你写推荐信给到他们。”说完,任意味深长地看了黄一眼。
“非常感谢,但是我觉得您教授我们的这些,唔,遗传学、分子生物学知识,似乎比那些农学、分类学的更...”
“更高级是吧,哈哈哈。这个也不能这么理解的。遗传学、分子生物学都是基础课程,只是今天具体应用,个体鉴定,用到了一些以目前的发展水平看很先进的仪器、试剂。其实农学这些也是会运用到的,比如育种、组织培养这些,都是建立在牢牢掌握基础知识之上的,比如生化,细胞,植物生理,当然,也包括遗传、分子生物...”
“我听赵首长说,组织培养需要的设备和试剂,可能很多年都没法在这边生产,用完了就...”
“她说得很对,今天我们做的也是一样。但是你要这么想,总是需要有人理解这些原理,掌握这些操作的。我们已经探明了方向,后续你们或者下一辈就可以少走很多弯路了。不要因为一时间看不到可持续操作的前景就气馁。我这么说吧,农学这些在很长一段时间内都会是这边的显学,你如果想要很快见到你努力的成效,甚至以后想要转往其他领域比如从政,农学应该还是很有潜力的。”
“两位的冰粉,请慢用。”
“谢谢,另外麻烦催下尽快上菜吧。时间有点赶。”
“好的,我去催下。”
任拿起小勺粗暴地搅动冰粉、西瓜、葡萄干、芝麻、红糖、花生末的混合物,然后舀了一大口。含糊不清地问道:“我记得你是自己选择来上学的对吧?”
“是的,我父母本来只愿意供我弟上学。感谢元老院和胡校长...”
“那你应该也是个有主见的人了。在这,不管男女,只要他确实有才干,我想至少在我们这一辈,就是可以发挥出他最大能力的。这个申请学士学位,没有时间限制,你甚至可以先工作一段时间,认真思考思考,后面再申请都不迟。我记得政策是说凡是导师评估认为达到高中同等学力就可以申请攻读学士学位了。”

回去路上任照旧蹬得飞快,在经过一个路口时忽然急刹然后拐到一人前面。那人开始吓了一跳,然后满脸堆笑一手撑伞一手提着裙摆迈着小碎步上前:“任首长,这么巧啊,你去哪呀?”
“薛大记者!今天还要去哪采访啊?”
“我在任首长面前永远是学生,哪里是大记者。下午先要去农科院参加最新蔬果品种发布会。”
“对对对,你到时去找一下赵首长,我给你准备了一份伴手礼,不过我参加不了,让她帮忙给你。”
“哎呀那可真是太感动了,首长真是群众的贴心人。您这边采访,要不就安排到今晚?我还是来您那?”
“没问题,我家大门可是常打开,倾听群众呼声。”
女子一边掩嘴窃笑一边上下打量黄雯,任主动说:“这位是我们专业的高材生,黄雯。以后有空你也采访一下她,树立一个学习典型。黄雯,这位是中央社著名记者薛晓,主要跑农业及教育条线,你以后和薛记者好好交流交流。”

一群戴着手术帽戴着口罩穿着白大褂脚上还套着鞋套的人走进一间密封很好的房间。房间中摆着一台圆润的仪器,旁边的电脑尚未开机。
“同学们,这个是一台Thermo的3500型毛细电泳仪。电泳是通过什么原理,来区分什么的?谁知道?”
“通过分子大小和含电荷不同,在电场中移动速度不同,来区分不同分子。”
“具体哪些分子?”
“常见的是DNA、RNA和蛋白质。”
“对,生物学常见的啊。这次我们要鉴别STR,是一类DNA啊,它带什么电荷?”
“在常见条件的缓冲液比如TAE中带负电荷。”
“DNA哪个成分带最多的负电荷?”
“磷酸骨架?”
“很好,所以DNA会从负极向正极跑啊。我们这里PCR的时候,掺入了能产生荧光的结构,具体来说是引物上的一个荧光基团,所以每对STR等位基因的引物能获得发射不同颜色荧光的PCR产物,到时这个机器就通过激光激发检测相应颜色来区分不同基因。通过遗传学和统计学知识,我们找到了13个STR位点,通过观察样本中这13个位点的不同等位基因情况,我们可以以一定概率水平做出是否样本间可能具备亲子关系的判断。大家想想,这十三个位点上,如果片段大小重叠,能不能用同一种颜色标记?”
“不行对吧,对啊,如果片段不重叠,可以用同样颜色标记啊,因为大小不一样,检测到的时间就不同,小的跑得快,就先检出啊。”
“下面我们开始今天的重点实验,使用毛细电泳仪区分样本中的STR等位基因。大家仔细记下步骤。首先,我们启动电脑,对,按这个按钮,然后,确认电泳仪内部没有乱放的物件,并且这个门是关着的,才能启动电泳仪。不关门会怎样?会亮黄灯啊,除非你把门关上。大家看,等这些绿灯不闪烁了,才可以登陆操作系统,这里是Windows。我们看这个任务栏最右边,默认是这里啊,这里有个Server Moniter图标,它显示绿色钩钩以后,才能启动这个Data Collection软件啊。”
“首长,能不能讲慢一点,我们只看过一次用这个,唔,电脑的演示。”其他人纷纷附和。
“你们先记下来就行,这个步骤我待会也会发个纸质材料给你们学习。”任大手一挥,然后继续唾沫横飞地讲解。
“我们登陆进这个软件啊,然后看这个面板,叫做calendar reminders和consumables,留意一下耗材的使用时间和次数,过期了就不能使用了啊。”
“首长,你是不是说了很多不是,不是中文的词?”刘忠璟问道。
“calendar就是日历,consumables是消耗品,所以一个应该是说使用时间,另外一个是说使用次数?”黄雯说完,看了任一眼。
“对,小黄说得没错。你们不是都要学英语吗,这些都是英语单词。”
“为什么这么多高科技的都是用英语的呢?”齐立周小声嘀咕。
没有人接茬,任打开仪器,说:“使用前,检查是否有漏液这些问题,确保仪器清洁,所有液位都正常。”
“设置好oven temperature,点击start pre-heat。”

按如下模板运行。
Plate templates: 6dye_36_POP4 (and _xl)
Assay (DC4): AB_J6_LS_POP4 (and _xl)
• Run module: HID36_POP4
• Injection conditions: 1.2 kV/15 sec (24 sec
for xl)
• Run conditions: 13 kV/1550 sec
• Dye Set J6

使用0.4 μL GeneScan™ 600 LIZ™ Size Standard v2.0与9.6 μL Hi‑Di™ Formamide 之比例配置一定的分子量标准,简略震荡混匀并离心收集。
96孔板中按照规划,对个孔加入10 μL of the formamide/size standard mixture或1 μL of PCR product or Allelic Ladder或For blank wells, add 10 μL of Hi-Di™ Formamide.
使用合适的平板隔垫(septa)密封96孔板,简略震荡混匀并离心。
使用PCR仪加热平板至95摄氏度3分钟,随即立刻置于冰上3分钟。
使用3500分析仪按上述模板程序进行毛细管电泳分析。
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酱油元老

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发表于 2022-8-7 10:30:30 来自手机 | 显示全部楼层
赞美新同人!

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谢谢捧场,凭此回复鉴定打八折。  发表于 2022-8-7 16:39
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第三次反围剿纪念章1637股灾纪念章

发表于 2022-8-7 11:40:20 来自手机 | 显示全部楼层
穿越这么多年了,那些原时空带来的试剂和耗材还科剩下多少,过了保质期还能用嘛

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在公共实验室的公共超低温冰箱里,经常能淘到早已经离开实验室的人收藏的老古董,很多时候,还能用  发表于 2023-1-11 00:02
完全没问题  发表于 2022-8-10 10:20
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归化民干部

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发表于 2022-8-7 12:00:57 | 显示全部楼层
喵啊!我们居然搞分子生物学了

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十多年没人认真写亲子鉴定,我还是亲自上吧,抛砖引玉了。  发表于 2022-8-7 13:25
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归化民干部

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发表于 2022-8-7 12:28:45 | 显示全部楼层
我去。。。德嗣大学提前开张了???

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欢迎选修!  发表于 2022-8-7 13:26
谁在台上我支持谁,我永远支持元老院!
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第三次反围剿纪念章

 楼主| 发表于 2022-8-7 13:24:39 | 显示全部楼层
本帖最后由 freeman 于 2022-8-7 13:28 编辑
打酱油的焊工 发表于 2022-8-7 11:40
穿越这么多年了,那些原时空带来的试剂和耗材还科剩下多少,过了保质期还能用嘛 ...

所以我一开始就甩锅出去了哈哈哈。不过一些常见的缓冲液之类的应该还是可以期待能自研吧。麻烦一点的是polymer,好像这个还是有专利的。另外就是引物、带荧光的引物这些了,这些可以以干粉的形式冻在-80超低温里面。
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发表于 2022-8-7 16:00:49 | 显示全部楼层
本帖最后由 Invincible 于 2022-8-7 16:04 编辑
freeman 发表于 2022-8-7 13:24
所以我一开始就甩锅出去了哈哈哈。不过一些常见的缓冲液之类的应该还是可以期待能自研吧。麻烦一点的是pol ...

刚才看了下MSDS ,酶切缓冲液,洗涤缓冲液,洗脱缓冲液成分没给,看起来应该是比较简单的缓冲盐,但是裂解缓冲液里有个刺客:这玩意封端的聚乙二醇,对1638的临高有点麻烦,也许1639~1641能生产?我不太懂分子生物学实验,这里是不是可以用其他非离子表面活性剂代替,甚至于拿SDS之类的玩意凑合


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我计划有空搞个课程总结,把所需试剂都列列,看看到底哪些能自己解决了。  发表于 2022-8-7 16:37
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发表于 2022-8-7 17:17:34 | 显示全部楼层
赞美新坑!

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ヾ(@^▽^@)ノ  发表于 2022-8-7 19:54
在容嬷嬷的针灸鞭策下不断写文!  发表于 2022-8-7 19:34
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酱油元老

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发表于 2022-8-7 20:27:25 | 显示全部楼层
此坑太深,临高目前无法做到。

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试剂耗材问题较大,但是着眼于培养人才角度,还是值得突破一下。  发表于 2022-8-7 21:46
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第三次反围剿纪念章1637股灾纪念章

发表于 2022-8-8 08:34:55 | 显示全部楼层
感觉像是回到了令人头疼的课堂上——

印象中,当年的遗传学、生物化学和分子遗传学,咱学得还是挺不错的,至少分数不低。
可毕业后,没有从事相关工作,现在……差不多啥也想不起来了
不知道再次拿起相关资料复习一下,还能不能读懂字面意思,别到时候——
“每个字都认识,就连起来之后吧,不知道写得是啥!

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大佬啊,欢迎指正!  发表于 2022-8-8 21:01
类似的还有实验设计与田间试验统计分析,当年是考过专业第一的,可……下个学期,就忘光了。。。。  发表于 2022-8-8 08:36
三体-海人;h754321;舒凝-荷莉卡;量子玫瑰。
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发表于 2022-8-22 11:15:11 | 显示全部楼层
freeman 发表于 2022-8-7 10:11
二、DNA提取和PCR

任指挥学员从冰箱中取出冰冻血液样本,用移液器对每个样本吸取200微升血液至单独灭菌EP ...

不错,医药已经是元老院工业技术皇冠的明珠,生物行业雄起

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我要复读了:十七世纪是...  发表于 2022-8-22 20:05
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第三次反围剿纪念章1637股灾纪念章

发表于 2022-8-23 03:07:47 | 显示全部楼层
张浩-雷霆万钧 发表于 2022-8-22 11:15
不错,医药已经是元老院工业技术皇冠的明珠,生物行业雄起

这倒是。
觉得农业、生化、医学、生命科学、生物化工、生物制药、是最先重新回到21世纪科技的候选门类。

看看,17世纪是生物学的时代,没错的。

赶上了好时代。
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第三次反围剿纪念章1637股灾纪念章

发表于 2022-8-23 03:17:45 | 显示全部楼层
现代制药,大致分成化学合成、生物发酵、中药材人工培育三大块。
化学合成,需要轻化工、生物化工发展,但是我看写同人段子的,这方面的内容不是很多啊!
实际生化、精细化工方面,发展潜力巨大,请大家多关注一下。
生物发酵合成,大家觉得咋样?有难度不?
人工中药材培育,会种地不?

农业栽培育种,回到21世纪没难度。

可以鼓捣鼓捣。
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发表于 2023-1-10 23:20:37 | 显示全部楼层
都到临高了,你还用柱法分离DNA,耗材是个大问题,用酚抽提法 、异丙醇沉淀法和酸裂解法都比这个好啊。成本上低很多,技术上难度也低
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发表于 2023-1-10 23:22:31 | 显示全部楼层
Invincible 发表于 2022-8-7 16:00
刚才看了下MSDS ,酶切缓冲液,洗涤缓冲液,洗脱缓冲液成分没给,看起来应该是比较简单的缓冲盐,但是裂解 ...

要提取DNA的话根本不用这个buff也可以,之前分子生物学刚起步的时候都是酚抽提法 、酸裂解法这样的方法的
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第三次反围剿纪念章

 楼主| 发表于 2023-1-10 23:22:52 | 显示全部楼层
澳宋生命科技园 发表于 2023-1-10 23:20
都到临高了,你还用柱法分离DNA,耗材是个大问题,用酚抽提法 、异丙醇沉淀法和酸裂解法都比这个好啊。成本 ...

kit配套的不用白不用其他的方法可以在入门开头几节课教一下
暮投盐场村,有髡夜捉人。
盐场村里夫妻别,泪比百仞城中多。
Do you hear the GUIHUAMIN sing?
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发表于 2023-1-10 23:25:09 | 显示全部楼层
本帖最后由 澳宋生命科技园 于 2023-1-10 23:26 编辑
freeman 发表于 2023-1-10 23:22
kit配套的不用白不用其他的方法可以在入门开头几节课教一下

重点是临高位面的科学技术水平限制,柱子太贵了,就里面的尼龙膜,临高都不知道啥时候能产,省着用吧。酸裂解法质量最差,成本最低,适合临高
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发表于 2023-1-10 23:29:04 | 显示全部楼层
freeman 发表于 2023-1-10 23:22
kit配套的不用白不用其他的方法可以在入门开头几节课教一下

用盐酸裂解细胞,将细胞裂解物小心铺加离心管中(试管亦可)的乙醇上,用一个带钩的或前端为U形的玻璃棒在这两层液体的交界面慢慢搅动,沉淀出的胶状DNA缠绕在玻璃棒上。玻璃棒上的DNA经多次乙醇浸泡并于室温下蒸干乙醇,由胶状逐渐回缩,然后浸人TE中过夜,使其重新吸水膨胀进而和玻璃棒分离。这种方法对操作技术要求较高,但简单快速。摘自:DNA提取方法进展综述. 张宁,王凤山
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